Peristiwa bergabungnya Yogyakarta dengan NKRI pasca Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia ditandai dengan keluarnya dekrit kerajaan yang dikenal dengan Amanat 5 September 1945. Amanat 5 September 1945 tersebut dikeluarkan oleh Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo Paku Alam VIII pada hari yang sama.
Isi Amanat 5 September 1945 adalah pernyataan integrasi wilayah Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Pakualaman ke dalam NKRI. Sebelum Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia. wilayah Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Pakualaman adalah dua wilayah yang telah memiliki pemerintahan atau kedaulatannya sendiri.
Sejarah Amanat 5 September 1945 Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia yang dibacakan di Jakarta pada tanggal 17Agustus 1945 juga disambut hangat oleh para pemimpin di Yogyakarta. Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo Paku Alam VIII mengirimkan pesan kawat kepada kedua pemimpin negara, Bung Karno dan Bung Hatta atas berdirinya NKRI.
Sembilan belas hari setelahnya, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo Paku Alam VIII secara bersamaan mengeluarkan amanat yang terkait kedudukan (status) Daerah Kesultanan dan Paku Alaman sebagai bagian wilayah Republik Indonesia. Amanat 5 September 1945 adalah dekrit kerajaan yang menjadi pernyataan bergabungya monarki Kasultanan Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Pakualaman ke dalam wilayah NKRI.
Hal tersebut segera disambut baik dengan diberikannya Piagam 19 Agustus 1945 sebbagai sebuah penghargaanyang ditandatangani Presiden Soekarno pada 6 September 1945. Piagam 19 Agustus 1945 ini sekaligus memperkuat kedudukan Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo Paku Alam VIII dalam memimpin wilayah Yogyakarta.